Il n'y a pas vraiment de solution à ma connaissance pour protéger à la fois ses troupes et ses ressources.
Pour les ressources, les seules solutions sont soit d'en utiliser assez pour que le reste soit protégé dans l'entrepôt, soit de défendre la ville. Mais comme durant la nuit il y a un bonus de 100% en défense, il n'y a pas vraiment de danger, même si tu te fais quand même attaquer tu gagneras plein de pcs. Si tu penses être attaqué, tu peux aussi demander du soutien en prévision à tes alliés.
Pour les troupes, tu peux les envoyer en soutien sur une autre ville proche où il y a des troupes défensives et les récupérer quand tu reviens. C'est notamment conseillé pour les troupes offensives ou si la défense de ta ville est de toute façon trop faible pour résister à une attaque. Après l'intérêt de troupe défensive est aussi de défendre la ville en période d'inactivité, où l'on ne peut pas demander de soutien.